質子交換膜燃料電池(proton exchange membrane fuel cell；PEMFC)是現有發展燃料電池中，技術最成熟、應用層面最廣的一種。除了在材料開發上有極大的突破之外，在電池組設計與組裝，系統水熱管理、電能轉換與管理等都有大幅度的進展。電腦模擬是輔助設計與研發不可或缺的工具，它可以節省實驗開發所需的時間與經費，並且可藉由電腦圖形顯示實驗無法觀察到的流體流速分佈、溫度與電流密度分佈等。本文就電腦模擬在質子交換膜燃料電池發電系統的發展做扼要的介紹，包括理論分析所需的計算流體力學軟體、系統整合分析的軟體套件，以及系統的最適化分析方法。