本文概略說明分子動力學的計算原理，包括勢能函數、環境條件控制、加速計算方法及相關計算技巧等。此外，並介紹多尺度模擬實驗室目前運用分子動力學，研究平面顯示器材料製程開發的現況，包括液晶分子相轉移、矽晶熔解與成長等問題。在液晶分子相轉移問題方面，以碳氫質量結合系統成功改善了因氫原子振動劇烈所導致的計算誤差，並求得液晶分子的玻璃轉移溫度，與實驗相符。而在矽晶熔解與成長問題方面，則採用Stillinger-Weber勢能，計算熔解與成長速率、進而模擬柱狀多晶矽成長，以及探討不同溫度下晶粒成長或消滅的臨界尺寸。