工研院在台灣半導體產業的發展，因有聯電、台積電等具體的Spin-off 成功案例，而受到高度的肯定。但是隨著產業環境改變，工研院在平面顯示器及太陽能電池等的發展方面似乎並沒有扮演舉足輕重的關鍵性角色。大都在廠商積極投入與國外廠商技術合作後，工研院才加強投入研發，似乎慢了半拍。再往後看未來的明星產業－生醫產業，工研院能否在台灣扮演舉足輕重的角色，也很值得警惕。偶爾有人會質疑台灣廠商的實力已很強，工研院是否還有存在的價值？客觀的來說，台灣是以中小企業為主的產業型態，在走向創新研發及高附加價值產品的生產基地的方向上，工研院的角色是愈來愈重要。
在快速變遷的國際環境中，創新產業聚落是帶動台灣產業永續發展的關鍵。為延續台灣 「創新產業聚落」優勢，政府應思考將現有科學園區及工業區以一個統籌的財團法人機構運作，才能以更靈活的機制及更有效率的服務品質，帶動園區的創新活力。而工研院在創新產業聚落中應該是扮演創新研發的活泉，協助塑造創新產業發展的環境，並成為驅動產、官、學、研互動的原動力。