胎兒出生前腸道內並沒有菌群，但在出生過程中，母親腸道菌群種類就會大部份傳給嬰兒；加上母乳的餵養，嬰兒可在1歲前完
成腸道菌群的培養。這培養完成的腸道菌群，在正常情况下，可說終生不變。健康正常的腸道，有複雜而平衡的好菌與壞菌，總
共大約有超過400 種(species) 、幾千個品系(strains)(1)。食物種類的攝取，常是影響腸生態平衡的因素，如太多動物脂肪、蛋白質，而缺乏鈣質、膳食纖維、碳水化合物等，或食用抗生素(antibiotics)、避孕藥、放射治療等，會使好菌減少、壞菌滋生，因而引起某些疾病。
「益生菌」、「腸益菌」，或「原生保健菌」(probiotics即probiotic bacteria)，為上述的「好菌」，常指源自於體內、有益於腸
道健康的活菌，但也有借助於外來的、對身體可能有益的某些微生物，如乳酸菌和部分酵母菌，通常其被做成膳食補充品或健康食品。「益生菌」希臘語意為「pro life」或「for life」，1908年俄國科學家Ilya Metchnikoff在保加利亞研究80歲以上工人長壽的原因，瞭解有一部份來自於其常食用的優酪乳(yogurt)，而認為大腸健康的人有健康的乳酸菌群(lactobacilli)，後其提出食用乳酸菌可取代腸內產毒細菌的科學論證，因而獲得諾貝爾獎。
「益菌生」或「益生源」(prebiotics)則是益生菌的促生物質。被認為是人體營養來源的蛋白質和脂肪，益生菌並不歡迎，其喜歡
膳食纖維(dietary fiber) 及果寡糖(fructooligosaccharide；FOS)等醣類物質。益生菌利用膳食纖維及寡糖(oligosaccharide)來繁殖，同時產生有機酸，可對抗喜歡鹼性環境的壞菌；同時有機酸可以促進腸道表皮細胞的正常代謝機能，維持免疫屏障，而有助於人體
的免疫機能。