日本全國目前停業、廢止的礦山約有79座，日本石油天然氣、金屬礦物資源機構(Japan Oil, Gas and Metals National Corporation；JOGMEC)即針對停業、廢止的礦山所產生的廢水，開發了一項利用微生物將廢水中有害物質去除之新處理法。與藥劑處理的方法相比，低成本為其主要特徵。且目前已經實驗確認可達到實用化之階段。
由於廢水中含有鎘、鋅等金屬離子，因此有危害健康的疑慮，而據JOGMEC表示，新處理方法係利用廢水中被稱為「硫酸根還原菌(Sulfate Reducing Bacteria)」的微生物，透過提供營養使其活性化，廢水中的硫酸離子因而轉換成硫化氫離子，且與有害物質的金屬離子結合，不易溶於水的硫化物因此沉澱，並附著於置入廢水中的稻殼中，有害物質即可予以除去。
微生物的營養源利用便宜的米糠即可，處理成本降低，且利用自然界的運作機制進行淨化，可減少人力成本。