作物於溫室內栽培的主要目的是期望能避免不良環境與氣候的影響，並有效降低病蟲的危害，進而達到提高農作物生產與穩定維持品質的目標，雖然大部分的病原菌會被隔絕在溫室之外，然而要在溫室內完全隔絕病害的發生是非常困難的，少部分的病原菌仍有機會進入溫室內引起作物病害。作物在單純的溫室環境中栽培，發生的病害種類會比露天栽培者少，但有些病害在溫室內一旦發生反而會較嚴重，故病害管理首重了解可能會在溫室內發生的作物病害種類，可利用溫室系統與栽培流程以減少病原菌進入溫室的機會，一旦溫室內發生了病害，則藉由了解病原菌傳播的途徑，利用栽培流程的改變與溫室環境調控，配合化學或生物農藥的施用，以減少病害造成的損失。