日本在生質燃料實用化方面的研究日趨活潑化，10年前多使用玉米或椰子等食用植物，現今則以綠球藻(Chlorella)或眼蟲藻(Euglena)等藻類為主角。藻類除了產油能力高之外，亦能製造其他機能性物質，唯目前最大的瓶頸在於成本上的考量，各研究單位亦正積極尋求解決之道。
東京工業大學的研究團隊即將焦點放在擬球藻(Nannochloropsis)上。一般藻類的含油率為10~30%左右，而擬球藻則高達50~60%，且具有可高密度培養的特性。但與其他藻類不同的是擬球藻屬於海水性，在島嶼或沿岸地區進行培養較為容易。此外，東工大亦與國立遺傳學研究所、MAZDA汽車、廣島大學等單位透過基因編輯技術，進行藻類油脂生產性、成長速度等的調查，且在150公升的培養實驗中，發現擬球藻突變株能夠極有效率地產製出油脂。
東京大學的研究團隊則是與理化學研究所利用藻類Parachlorella kessleri之「PK4」突變株與重離子束(Heavy Ion Beam)進行作用，提高了油脂產能，最高達到藻類整體的66%。一天1公升的藻類約可製作出約0.6克的油脂，以5萬公升的規模進行培養的話，約34天即可產出1噸的油，因此「PK4」屬於高產油性的藻類。目前研究團隊也計畫透過「PK4」基因解讀與編輯，開發出更高生產性之藻類。
然而目前由藻類所製成之生質燃料，其價格仍高達1000日圓左右，雖然期望透過基因改變以提高產油能力，卻又有大量產油之後，藻類壽命變短、產能下降等問題。且在屋外進行生產，須符合Cartagena生物安全議定書的認可，若採用基因編輯方法提高藻類產油能力的話，屆時將會耗費許多時間與手續以取得Cartagena生物安全議定書的認可。
因此Euglena公司不採基因編輯，而是利用品種改良的方法，開發出具優異產油能力之突變株選取技術，並活用藻類的機能性製作健康食品，以油生產與副產品開發以吸收成本，將藻類予以全方面的利用。